生物工程专业2002年开始招生，2007年成为校级重点专业，2009年被评为省级重点建设专业，下设微生物发酵工程、生物制药、现代生物检测技术三个方向，目前已培养学生1300多名。

本专业现有教授4人，副教授6人，高级实验师3人; 博士8人; 有2人入选浙江省“新世纪151人才工程”，2人入选湖州市“1112”人才工程学术技术带头人，3人为浙江省高校中青年学科带头人。

专业主干课程有生物化学、细胞生物学、微生物学、分子生物学与基因工程、发酵工程、食品检验技术、生物制药学等。

本专业培养具有坚实现代生命科学基础理论和实践能力，能在生物工程技术领域从事设计、生产、管理和新技术与产品研发的高级应用型人才。本专业注重学生实践和科研能力的培养。（更新于2021年6月）